Od druhé poloviny roku 2011, kdy se Masarykova univerzita stala jako první VŠ v České republice členem CrossRef, se do systému indexování DOI identifikátorem postupně zapojila většina redakcí odborných časopisů a článkům přidělují DOI kódy. Koordinátorem a reprezentantem Masarykovy univerzity v systému CrossRef je Nakladatelství MU. Nakladatelství MU hradí roční členské poplatky MU v CrossRef, koordinuje přidělování DOI čísel publikacím vydávaných na MU (časopisů, monografií, sborníků a dalších), poskytuje metodickou a technickou pomoc při zavádění systému DOI redakcím časopisů, a hradí poplatky za přidělená DOI čísla na MU.

DOI zajišťuje jedinečnou identifikaci digitálního objektu, je neměnné, poskytuje trvalý odkaz na dokument a v současnosti je standardem vědeckého publikování. Na MU používá DOI celkem 49 vědeckých časopisů:

• Anthropologia integra
• Archeologia historica
• Archivum Mathematicum
• Art East Central
• Bohemica litteraria
• Brno Studies in English
• Brünner Beiträge zur Germanistik und Nordistik 
• Brünner Hefte zu Deutsch als Fremdsprache
• CASALC Review​​
• Central European Journal of Management
• Critical Inquiries in Mediaval
• Cyberpsychology: Journal of Psychosocial Research on Cyberspace
• Czech Polar Reports
• Czech-polish historical and pedagogical journal
• Časopis pro právní vědu a praxi
• Česko-slovenská historická ročenka
• Dějiny a dějepis
• Discourse and Interaction
• Études Romanes de Brno
• Financial Assets and Investing
• Geologické výzkumy na Moravě a ve Slezsku
• Graeco-Latina Brunensia
• Linguistica Brunensia
• ​Malacologica Bohemoslovaca​​
• Masaryk University Journal of Law and Technology
• Musicologica Brunensia
• Museologica Brunensia
• Neogreaco Bohemica
• Novaja rusistika
• Open European Journal on Variable Stars
• Opuscula historiae artium
• Opera Slavica
• Pedagogická orientace
• Politologický časopis
• Pro-Fil
• ProInflow
• Religio
• Revue pro pravo a technologie
• Slavica litteraria
• Sociální studia
• Studia archaeologica Brunensia
• Studia historica Brunensia
• Studia paedagogica
• Studia philosophica
• Studia sportiva
• Středoevropské politické studie
• Theatralia
• Testfórum

Počet přidělených DOI roste především díky článkům v odborných časopisech, identifikátor mají přidělený také některé odborné monografie a jejich kapitoly (673 ke konci roku 2024) a příspěvky ve sbornících či samotné sborníky (1 819 ke konci roku 2024). Celkový počet aktivních kódů s prefixem MU ke konci roku 2024 byl 12 500. V roce 2024 bylo přiděleno a aktivováno 1 051 DOI. Průměrný počet přístupů za měsíc byl např. v roce 2015 2 852, v roce 2024 už činil 82 500 přístupů za měsíc, přičemž celkový počet přístupů na DOI MU v posledním roce byl téměř 992 000. Počty se zvyšují s růstem počtu přidělených DOI, v uplynulém roce byl rekordním měsícem v počtu přístupů prostřednictvím kódu DOI měsíc září – 115 535!

Měsíční statistiky pravidelně uvádějí články z časopisů Cyberpsychology: Journal of Psychosocial Research on Cyberspace, Archivum mathematicum a Studia paedagogica v desítce nejvyhledávanějších DOI. Např. v prosinci 2024 to byly články:

Od dubna 2014 by založen portál https://journals.muni.cz, jenž soustřeďuje všechny časopisy vydávané univerzitou prostřednictvím celouniverzitního redakčního systému Open Journals System (OJS). Portál spravovaný Nakladatelstvím Munipress pomáhá zájemcům orientovat se v nabídce časopisů MU, ale především zjednodušuje redakční proces redakcím, které jej aktivně používají. Začátkem roku 2022 byl systém převeden na verzi OJS 3 a upraven do podoby univerzitního JVS. V současnosti využívá OJS 50 časopisů pro celý redakční proces nebo jeho část, či jako archiv (již nevycházející časopisy).Nově využívají některé redakce i publikování v režimu Online First, aktuálně je nastaveno pro 5 časopisů. Redakce stále častěji pracuji i s vnitřním recenzním řízení OJS.

Portál Journals.muni.cz spravuje a koordinuje Nakladatelství Munipress, redakcím pomáhá se zavedením systému, poskytuje proškolení členů redakce a průběžnou pomoc při práci v systému OJS. Redakční systém OJS usnadňuje a urychluje aktivaci kódů DOI v CrossRef a také využívání služby Cited-by.

Cited-by, další služba CrossRef využívaná MU od roku 2019, je jeden z nástrojů pro scientometrii a bibliometrii a je nadstavbou pro přidělování a registraci identifikátorů DOI. Autoři i čtenáři si tak mohou snadno zjistit, kde nalézt články podobného zaměření a jaká je citovanost článku v rámci CrossRef. Služba je poskytována všem, kteří již přidělují svým článkům a monografiím identifikátor DOI. Momentálně je ve službě zaregistrována 1 miliarda referencí napříč celým světem.

Dalšími podobnými nástroji zavedenými v roce 2019 pro sledování citovanosti článků jsou SCOPUS CiteScore a altmetriky PlumX.

V průběhu roku 2020 jsme splnili podmínky pro využívání další služby CrossRef – Similitary Check, nástroje pro kontrolu původnosti textů.

V současnosti má agentura CrossRef přes 25 tisíc členů ze 118 zemí a v systému bylo zaregistrováno více než 140 milionů DOI. V rámci časopisů je přidělených DOI cca 100 mil. (71 %), monografiím cca 24 mil. (17 %), konferenčním sborníkům cca 8 mil. (6 %), preprintům a ostatním digitálním objektům cca 8 mil. (5,5 %). Z celkového počtu vydavatelů je 61 % neziskových.

Více informací o statistikách DOI naleznete na oficiálních stránkách agentury Crossref.